Политическите групи
Депутатите са организирани в наднационални политически групи, като във всяка една от тях членуват представители на различни страни със сходни политически убеждения. В момента в Парламента има осем такива групи.
Групите имат централно място в работата на ЕП. Те са основни фактори за изграждане на мнозинства за гласуване на законодателни решения, определяне на бюджета или изразяване на позиция по други въпроси. Те задават дневния ред на Парламента и играят решаваща роля в избора на председател на Парламента и на други депутати с важни функции.
Парламентарните комисии
Комисиите на ЕП са профилирани и подготвят решенията на Парламента за окончателно гласуване на пленарно заседание. В момента действат 20 постоянни комисии, 2 подкомисии (по права на човека и сигурност и отбрана; и двете са подкомисии към комисията по външни работи) и две анкетни комисии (с временен характер и разследващи конкретни въпроси – измерването на емисиите от автомобилите и досиетата от Панама).