Правото на Парламента да провежда разследвания произтича, от една страна, от официални решения на страните-членки, а от друга, от това, че той е призван да защитава интересите на хората, които са го избрали. Тъй като компетенциите на анкетните комисии са стриктно определени в европейските договори, депутатите често предпочитат да създадат друг тип комисии, които наричат „специални“, за да разгледат по-общи теми или такива, които засягат страни извън ЕС. Парламентът също така търси как да подобри начина, по който работят анкетните комисии, за да засили ефективността на тази форма на парламентарен контрол.
В Парламента до момента са били създадени 16 специални комисии, като сред въпросите, с които те са се занимавали, са транспортирането през Европа на заподозрени за тероризъм от ЦРУ (през 2006 г.), климатичните изменения (2007 г.), икономическата и финансовата криза (2009 г.), организираната престъпност, корупция и прането на пари (2012 г.), както и корпоративното данъчно облагане.
